Bjarkøyætten er en norsk høvdingætt i Hålogaland og lendemannsslekt fra middelalderen som hadde hovedsete på Bjarkøya i Troms, men som etter hvert hadde omfattende jordgods flere steder i Norge. Ætten blir gjerne delt i eldre og en yngre del.
Til den eldste delen kjennes Tore fra Bjarkøy, som under et besøk til sin fostersøster Sigrid (Storråde) ble brent inne sammen med Harald Grenske, far til Olav Haraldsson. Tores sønner var Sigurd Toresson på Trondenes, rett sør for Bjarkøy, og Tore Hund på Bjarkøy som var med på å lede oppstanden mot kong Olav Haraldsson og personlig var med på å drepe kongen i slaget ved Stiklestad i 1030. Sigurds sønn Asbjørn Selsbane ble drept av kongens menn, men Tore Hunds sønn, Sigurd Toresson fra Bjarkøy, fikk ingen sønn, dog en datter, Ragnhild Sigurdsdatter, som ble giftet inn med Giskeætten ved Jon Arnesson fra Giske, sønn av Arne Arnesson. Jon nedstammet fra Erling Skjalgsson på Sola og Astrid Tryggvesdatter, søster av kong Olav Tryggvason. Ragnhild og Jon fikk sønnen Vidkun Jonsson fra Bjarkøy som deltok i kong Magnus Berrføtts hær i Irland. Sigurd Jorsalfares sønn Magnus ble oppfostret hos Vidkun på Bjarkøy.